Богоявленский монастырь был закрыт в 1930-е годы. В советский период его храмы использовались под складские помещения. В 1930-х годах были разрушены колокольня и ограда монастыря, в последующие десятилетия церковь «Достойно есть» была превращена в неприглядный барак, подверглись искажающим перестройкам келейные корпуса. Архитектурный ансамбль обители утрачивал единство, на смену художественному совершенству и почитанию пришли равнодушие, разрушение, упадок.
Первые вехи возрождения монастыря выпали на 1970–1980-е годы. В Смоленской и Федоровской церквах была проведена реставрация под руководством архитектора С. Е. Новикова. В 1976 году Смоленский храм передан Угличскому историко-художественному музею, в 1992 году — Федоровский. В 2000 году Богоявленский собор передан Русской Православной Церкви.
Осенним Синодом 2010 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, вновь после более, чем 92-годичного забвения обитель возродила свою жизнь. Назначена настоятельница монахиня Антонина (Злотникова). Началось восстановление утраченной святыни. За прошедшие со времени открытия монастыря нескольких лет стараниями игумении Антонины (Злотниковой) и сестер, при поддержке благотворителей сделано немало.
Но до полного возрождения еще далеко.
В 2015 году была сформирована программа воссоздания объекта культурного и религиозного наследия ансамбля «Богоявленского женского монастыря» и условно делится на 9 направлений:
1. Реставрация и/или ремонт с приспособлением под современные нужны объектов культурного наследия в границах ансамбля переданных в пользование или в собственность монастырю.
2. Передача объектов из муниципальной собственности в пользовании или собственность монастырю с последующей реставрацией и/или ремонтом с приспособлением под современные нужды.
3. Восстановление утраченной исторической планировочной структуры ансамбля.
4. Выполнить понижение грунтовых вод, при помощи дренажа. Выполнить сети ливневой канализации.
5. Реконструкция инженерных путей и дорог.
6. Проведение работ по благоустройству, озеленению, установке малых архитектурных форм.
7. Реставрация и/или ремонт с приспособлением под современные нужды объектов на подворье в с. Воскресенское Ильинского сельского поселения Угличского муниципального района, переданных в пользование или в собственность монастырю.
8. Реконструкция дорог к объектам подворья в с. Воскресенское Ильинского сельского поселения Угличского муниципального района, переданных в пользование или собственность монастырю.
9. Реставрация и/или ремонт с приспособлением под современные нужды объектов на подворье в с. Климатино Большесельского сельского поселения Угличского муниципального района, переданных в пользование или в собственность монастырю. Обустроить фельдшерский пункт.
К текущему моменту:
- Восстановлена ограда монастыря.
- Восстановлена колокольня Феодоровского храма.
- Восстановлены церковь иконы Божией Матери «Достойно Есть» и церковь иконы Божией Матери «Казанская».
- В 2018 года построена Богоявленская водосвятная часовня.
- В октябре 2019 года в бывшей хозяйственной монастырской постройке открыта "Чайная".
- В октябре 2020 года в центре монастыря установлен Поклонный крест в память всех пострадавших в годы гонения.
- Отремонтированы возвращенные монастырю келейные корпуса.
- В восстановленном восточном келейном корпусе открыта гостиница с трапезной для паломников.
- В Смоленской, Федоровской церквях и Богоявленском соборе проведены противоаварийные работы, здания приведены в порядок, приняв благолепный благоустроенный вид. Обновлены фасады храмов, в них восстанавливаются резные иконостасы, обновляется церковная тварь, иконы.
- С Божией помощью в монастырь возвращаются утраченные и появляются новые святыни: иконы, частицы мощей, в том числе, туфелька Святителя Спиридона Тримифунтского.
- Территории возле храмов выложены плиткой, организован розариум по всей территории монастыря, разбит фруктовый сад, сооружены теплицы.
- В Воскресенском храме на подворье в селе Воскресенском выполнили вычинку кирпича цоколя летнего и зимнего храмов, отремонтировали крышу, полы, вставили окна, двери. Восстановлен и освящен купол колокольни с крестом. Ремонтируется иконостас. Реставрируется колокольня. Повешены колокола.
- На подворье Воскресенское организовано подсобное хозяйство.
- В Успенской церкви на подворье в селе Климатино расчистили территорию и храм от мусора, сняли незакрепленный кирпич, срезали обгоревшие фермы, отремонтировали крышу алтаря и четверика, выполнили вычинку цоколя летнего храма, установили купола.
- В декабре 2021г. монастырю переданы молельная комната и часовня в доме-интернате для престарелых для проведения Богослужений и Таинства Крещения.
- В феврале 2022 г. начато строительство храма в честь иконы Матери Божьей «Всех скорбящих Радость» на Чурьяковском кладбище.
- В июне 2022 г. открыт "Музей Ангелов".
- В июле 2022 г. начались службы во вновь построенном Храме Рождества Иоанна Предтечи.
- В августе 2022 г. напротив Федоровской церкви установлен киот с мозаичной иконой Божией Матери Феодоровская.
- В июне 2023 г. начато строительство часовни в честь святой преподобномученицы Анастасии на месте бывшего ее захоронения.
- В августе 2023 г. в с.Спасское Угличского района правящим архиереем епископом Переславский и Угличским Феоктистом совершен чин освящения закладного камня и воздвижение креста с благословением на воссоздание разрушенного храма в честь Преображения Господня.
Вновь обретаемые святыни наглядно свидетельствуют, что в древние стены возвращается жизнь, возрождается почитание прославленной обители.